Alf wird von den Behörden gefangen gehalten; seine Spezies wird genauer untersucht. Allerdings gehen die Untersuchungen so langsam zu Ende. Da das Militär Alf als die außerirdische Verschwörung auf Erden sieht, soll er getötet werden. Doch zwei freundlich Gesinnte versuchen, das zu verhindern und entführen Alf…

Alf befindet sich in den Händen der amerikanischen Behörden, nachdem er die aus der Serie bekannte Familie Tanner über Jahre hinweg mit seiner teilweise nervtötenden Art terrorisiert hat. Nun wird sein Wesen genauer untersucht. Es soll das weitere Vorgehen vor einer Untersuchungskommission entschieden werden. Der ranghohe Colonel Milfoil (Martin Sheen) beantragt vor der Kommission die Tötung von Alf, weil dieser angeblich sehr aggressiv sein soll. Auf der anderen Seite stehen ihm aber zu Alfs Glück Lieutenant Rick Mullian (William O‘Leary) und seine Vorgesetzte Captain Melissa Hill (Jensen Deggett) gegenüber, die ihn für harmlos halten und ihn nach Abschluss der Untersuchungen gerne in die Freiheit entlassen würden. Die Kommission beschließt, zunächst die Entscheidung zu vertagen. Aus diesem Grund versucht der etwas verwirrte Milfoil die Entscheidung vorwegzunehmen. Nachdem Mullian und Hill allerdings den Diebstahl eines Gifts im Gefängnis feststellen und sich der normale Zeitplan von Alf kurzfristig geändert hat, sehen die beiden Handlungsbedarf. Kurzerhand schleichen sie sich in Alfs Zelle, spritzen ihm eine Beruhigungsspritze und entführen ihn.

Bildergalerie von Alf: Der Film (9 Bilder)

Mit Alf aus dem Militärlager entkommen, ist das Ziel des bekannten UFO- und Außerirdischen-Forscher Dr. Dexter Moyers (Miguel Ferrer), ein Freund von Melissas Vater. Dieser hat ihnen beim Schutz von Alf Unterstützung angeboten. Während die drei unterwegs sind, versucht sich Alf immer wieder auf seine typische Art und Weise davonzustehlen, weil er von den guten Absichten Melissas und Ricks nicht überzeugt ist. Als sie schließlich zusammen bei Dexter ankommen, stellt sich dieser zunächst als guten Freund heraus. Doch es dauert nicht lange, bis Dexters wahre Absichten ans Tageslicht kommen und Alf in Gefahr ist…